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通勤手当の非課税限度額改正の概要
この見直しは、燃料価格や物価の高騰による通勤者の負担増が背景にあり、国家公務員の通勤手当引き上げ（人事院勧告）を踏まえ、民間とのバランスを保ちつつ通勤者の生活を支援するために改正されました。
参考：令和7年人事院勧告
本年の給与勧告のポイントと給与勧告の仕組
交通用具のみの非課税限度額引き上げ
遠距離通勤者ほど影響大
特に片道55km以上の場合、従来の31,600円から38,700円へと約7,000円増額され、遠距離通勤者ほど恩恵が大きくなります。また、この改正は令和7年4月に遡って適用されるため、年末調整で対応が必要になる場合があります。
新しい非課税限度額
| 区分 | 課税されない金額 | ||
|---|---|---|---|
| 改正後 （令和７年４月１日以後適用） |
改正前 | ||
| ①交通機関又は有料道路を利用している人に支給する通勤手当 | 1ヶ月当たりの合理的な運賃等の額 （最高限度 150,000円）
|
同左 | |
| ②自動車や自転車などの交通用具を使用している人に支給する通勤手当 | 通勤距離が片道55km以上である場合 | 38,700円 | 31,600円 |
| 通勤距離が片道45km以上55km未満である場合 | 32,300円 | 28,000円 | |
| 通勤距離が片道35km以上45km未満である場合 | 25,900円 | 24,400円 | |
| 通勤距離が片道25km以上35km未満である場合 | 19,700円 | 18,700円 | |
| 通勤距離が片道15km以上25km未満である場合 | 13,500円 | 12,900円 | |
| 通勤距離が片道10km以上15km未満である場合 | 7,300円 | 7,100円 | |
| 通勤距離が片道２km以上10km未満である場合 | 4,200円 | 同左 | |
| 通勤距離が片道２km未満である場合 | （全額課税） | 同左 | |
| ③交通機関を利用している人に支給する通勤用定期乗車券 | 1ヶ月当たりの合理的な運賃等の額 （最高限度 150,000円）
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同左 | |
| ④交通機関又は有料道路を利用するほか、交通用具も使用している人に支給する通勤手当や通勤用定期乗車券 | 1ヶ月当たりの合理的な運賃等の額と ②の金額との合計額 （最高限度 150,000円）
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同左 | |
実務担当者が押さえるべき対応ポイント
1. 給与計算システムの設定変更は必須
距離区分ごとの金額を最新の国税庁資料に基づいて入力し、適用開始日（令和7年4月1日）を忘れずに設定します。設定後はテスト計算を行い、非課税・課税の判定が正しく反映されるか確認することが肝心です。
システムベンダーのアップデート情報をチェックし、変更点や影響範囲の理解も重要です。
2. 社内規程や申請フォームの改訂
申請フォームの表示も同様に修正し、適用開始日を明記して社員が誤解しないようにしましょう。
規程改訂には労使協議や届出が必要な場合もあるため、法務部門との連携も重要です。
3. 社員への周知は丁寧に
「誰が対象になるのか」「税負担がどう変わるのか」を具体例で示すと理解が進みます。
国税庁の公式リンクを添付し、信頼性を担保することもポイントです。
参考：通勤手当の非課税限度額の引上げに関するＱ＆Ａ
4. 通勤距離の再確認を徹底
地図や通勤費管理システムで距離を計測するなどして、交通用具を利用する社員の通勤距離を再確認し、正しい区分で限度額を適用する必要があります。
距離の誤りは課税処理に直結するため、証跡を残しておくことが重要です。
5. 税務署対応に備えた記録管理
国税庁の記載例に沿って正確に記録し、改正適用の根拠資料（国税庁通知や社内規程改訂履歴）を保管しておくことで、後日の指摘リスクを低減できます。
通勤手当の非課税限度額改正の精算対応例
令和7年4月から11月までの支給額の遡及計算
今回の改正は令和7年4月に遡って適用されるため、令和7年4月から令和7年11月19日までに支給した通勤手当のうち、旧限度額で課税された分を年末調整で精算する必要があります。
まずは源泉徴収簿や給与台帳から該当者を抽出し、改正後の限度額で再計算しましょう。
参考：通勤手当の非課税限度額の引き上げについて
精算例：自動車通勤片道50km、通勤手当月額3万円支給の場合
前提条件
自動車通勤で通勤距離が片道50Km
毎月の通勤手当支給額：30,000円
支給期間：令和7年4月～10月（7ヶ月）
※給与支給日は毎月25日（この場合11月分は対象外）
区分と限度額
「通勤距離が片道45km以上55km未満」の区分に該当
改正前：28,000円
改正後（令和7年4月以後）：32,300円
改正前の課税処理
旧制度では、非課税限度額が28,000円だったため、毎月の課税対象額は次のとおりです。
30,000円 − 28,000円 = 2,000円／月
改正後の判定
新制度では限度額が32,300円に引き上げられたため、課税対象額は次のとおりです。
30,000円 − 32,300円 = 0円（非課税）
差額の精算
毎月の差額：2,000円
支給7ヶ月分での差額：2,000円 × 7ヶ月 = 14,000円
年末調整で還付される金額の基礎は14,000円になります。
年末調整での対応
源泉徴収簿の左下余白に「非課税となる通勤手当14,000円（2,000円×7ヶ月）」と記載します。
給与総額から14,000円を差し引いて再計算し、所得税額の余剰分を還付。
源泉徴収票にも修正後の金額を反映します。
下図が源泉徴収簿の記載例です。
源泉徴収簿への記載手順は以下となります。
・「総支給金額」欄、10月までは改正前の額ですでに支払われた課税支給額を記載します。
・11月からは改正後の額を適用した課税支給額を記載します。
・左下余白に新たに非課税となった通勤手当金額と計算根拠を記載します。
・「給与・手当等①」欄に総支給金額①から非課税となる通勤手当を差し引いた額を記載します。
引用：国税庁 年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例
参考：国税庁 通勤手当の非課税限度額の引上げについて
国税庁 通勤手当の非課税限度額の引上げに関するＱ＆Ａ
まとめ
今回の改正で、遠距離通勤者の税負担は軽減される可能性があります。
企業は年末調整やシステム確認、社内周知を早めに進め、社員は支給額と限度額の関係を確認しておくと安心です。
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