所得税における通勤手当の課税・非課税の仕組みと限度額について

通勤手当は、従業員が職場へ通うために必要な費用を補助するもので、一定の条件を満たす場合は所得税がかからない「非課税」として扱われます。そのため毎月支給される通勤手当は、「非課税」と認識している方も多いのではないでしょうか。しかし、実際には通勤手段や距離、経路によって非課税となる限度額が細かく定められており、基準を誤ると課税対象となるケースもあります。
本コラムでは、通勤手当の課税・非課税の仕組みや上限額、企業が注意すべきポイントを解説します。

通勤手当に所得税はかかる？

通勤手当は本来は課税対象ですが、一定の条件を満たす場合に限り非課税として扱われます。非課税となる額には上限が定められており、その範囲内でかつ「最も経済的かつ合理的な経路」で支給されている場合に、所得税はかかりません。そのためどの部分が課税対象になるのかを正しく理解し、計算漏れがないように注意することが重要です。

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通勤手当と交通費は異なる

通勤手当と交通費（旅費交通費）は、どちらも移動にかかる費用を支給するものであるため混同されがちですが、目的が異なります。所得税の取り扱いにも違いがある点に注意が必要です。
通勤手当は通勤にかかる費用を給与の一部として支給するものです。前述のとおり一定の条件を満たす場合は非課税として扱われます。

交通費は、営業訪問や出張など業務のための移動で発生する費用です。従業員が立替えて精算する場合でも、所得税の課税対象にはなりません。

関連記事：通勤費と交通費の違いとは？計算方法や支給時の注意点を解説

通勤手当が所得税の対象にならない、非課税のケース

例えば、公共交通機関を利用する場合は、定期代などの実費相当額について月額15万円まで非課税となります。交通機関を併用する場合や、有料道路を利用する場合も、非課税の上限額は同様に月額15万円です。
また、マイカー・バイク・自転車などの交通用具による通勤では、片道2km未満は課税対象となりますが、2km以上の場合は片道距離に応じて非課税限度額が定められています。

なお、いずれの交通手段でも「最も経済的かつ合理的な経路・方法」であることが非課税扱いの前提となります。

通勤手当が所得税の課税対象になるケース

通勤手当が課税対象になるケースは次の通りです。
・非課税限度額を超えて支給した部分
・マイカー、バイク、自転車通勤で、片道2km未満など距離要件を満たさない場合
・「最も経済的かつ合理的な経路」と認められない費用（不必要な遠回りやグリーン料金など）

例えば、電車とバスを利用した定期代として月16万円を支給する場合、15万円までは非課税となり、超過した1万円が課税対象となります。
また、マイカーや自転車通勤で片道1.5km／月3,000円を支給する場合は、2km以上という距離要件を満たさないため全額が課税対象です。

なお、課税対象となる通勤手当を支給すること自体は問題ではありません。しかし、本来課税すべき部分を誤って非課税として処理してしまうと、税務調査で指摘を受けるリスクがあるため注意が必要です。

所得税における通勤手当の非課税限度額

非課税限度額は通勤手段によって上限額や条件が異なります。対象となる交通手段は、電車やバスなどの公共交通機関と、マイカーやバイク、自転車などの交通用具です。公共交通機関と交通用具を併用する場合の条件も定められています。なお、繰り返しになりますが、いずれの通勤手段でも「最も経済的かつ合理的な経路」であることが非課税扱いの前提です。

電車やバスなどの公共交通機関を利用する場合

公共交通機関を利用して通勤する場合、非課税限度額は月額15万円までです。通常の経路と比較して不必要に遠回りとなる経路や、グリーン料金などの追加料金は、「最も経済的かつ合理的な経路」とは認められず、課税対象となります。

なお、通勤に用いる支払方法が定期券やきっぷ、ICカードのいずれであっても非課税限度額の考え方は同様です。非課税となるかどうかは、実際の購入方法にかかわらず「最も経済的かつ合理的な経路」による運賃の額を基準に判断されます。

参考：国税庁「電車・バス通勤者の通勤手当」
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マイカー・バイク・自転車を利用する場合

マイカー・バイク・自転車などの交通用具で通勤する場合の非課税限度額は、「片道の通勤距離」によって定められています。
片道2km未満は全額課税対象です。2km以上10km未満の非課税限度額は4,200円、10km以上15km未満は7,300円、15km以上は10km区切りで95km以上まで距離区分ごとの非課税限度額が定められています。
また、駐車場代については月額5,000円までが別途非課税扱いとなり、距離区分ごとの非課税限度額に加えて認められます。

以下が非課税限度額の表となります。

これらの距離区分に応じて通勤手当の支給額を算定し、非課税限度額を超える部分が課税対象となります。特にマイカー通勤では、燃料費や維持費を考慮して非課税限度額を上回る金額を支給するケースも見られるため、課税通勤費の計算を正確に行うことが重要です。
正しい支給を行うためには、従業員ごとの通勤距離を正確に把握するとともに、社内規程で支給基準を明確にしておくことが求められます。

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公共交通機関とマイカー・バイク・自転車を併用する場合 

公共交通機関と交通用具を併用する場合、通勤にかかる費用は、運賃や距離に応じた金額に加え、駐車場代（上限5,000円）も含めて合算して判定します。ただし、非課税となるのは月額15万円までであり、これを超えた部分は課税対象となります。

例えば、自宅から最寄駅まではマイカーを使用し、そこから電車を利用して通勤するケースでは、以下①～③のひと月当たりの金額を合計し、15万円までが非課税です。
①自宅から最寄駅までのマイカー移動にかかるガソリン代（距離ごとの非課税限度額あり）
➁最寄駅付近の駐車場代（月額5,000円まで）
③最寄駅から勤務地までの電車賃

通勤手当の計算で気を付けたいポイント

通勤手当の計算では、通勤手段ごとの非課税限度額の適用に注意し、誤った処理が発生しないよう正確な確認が必要です。

課税と非課税の間違いが判明した場合 

通勤手当の課税・非課税区分を誤って処理した場合、まずは過去分を再計算し正しい課税対象額を把握します。
過剰に源泉徴収していた場合は、給与での調整または年末調整により速やかに従業員に還付します。年末調整が済んでいる場合や退職者については、企業による過納税の還付手続または従業員による確定申告で精算します。

一方、不足が判明した場合は、企業が従業員から不足分を徴収します。状況によっては延滞税や不納付加算税が発生しますが、これらは企業が負担します。

間違いを防ぐには非課税限度額の正しい理解と計算、通勤経路の妥当性チェック体制の整備が求められます。

定期代をまとめて支給する場合

3ヶ月や6ヶ月定期代などは、従業員の立て替え負担を避けるため前払いで一括支給される企業が多く見られます。
この場合でも、非課税の判定は1ヶ月あたりに換算して行います。
例えば、6ヶ月定期代を一括で支給した場合、その総額を月数の6で割り1ヶ月あたりの金額が15万円以下であれば非課税です。
年度替わりに伴う入社や異動、運賃改定などが発生する場合は、従業員それぞれの定期券期間や金額を正確に把握して計算しなければなりません。システム化されていなければ間違い防止のために多くの工数が必要となってしまいます。

通勤手当の申請は「らくらく通勤費」

通勤費管理システム「らくらく通勤費」は、交通手段や距離によって異なる通勤手当の課税・非課税計算を自動化できます。従業員が申請する経路を社内ルールに則って制御でき、社会保険料の計算や払戻計算、給与システムとの連携も可能です。多様な通勤手段や社内ルールに対応することができ、適正支給と業務効率化を実現します。

まとめ