給与計算のやり方を3ステップでわかりやすく解説！計算ミスが招くリスクも

給与計算とは、各種手当を含む総支給額から税や社会保険料などの控除額を差し引き、従業員の手取りである差引支給額を算出する業務です。給与計算を正確に行うことは従業員との信頼関係の基本です。

この記事では給与計算の方法と必要な基礎知識、給与計算のミスによる様々なリスクとその防止策を解説します。記事の内容をもとに正確かつ効率的な給与計算業務を進めましょう。

給与計算の基本の計算式

給与計算とは従業員の給与を計算する業務のことで、勤怠管理データ等に基づき給与の総支給額や所得税、住民税、社会保険料といった控除額を計算します。

計算式は以下の通りです。
総支給額－控除額＝差引支給額（従業員の手取り額）

総支給額には基本給のほか、時間外手当、役職手当や通勤手当など各種手当の額が含まれます。
控除額には社会保険料（健康保険料、介護保険料、厚生年金保険料、雇用保険料）や、所得税、住民税などがあります。差引支給額は従業員の手取り額で、この金額が従業員の銀行口座などに振り込まれます。

次章では給与計算の方法を具体的に解説します。

給与計算の正しいやり方

給与は、大きく分けて総支給額、控除額、差引支給額の3ステップで算出します。
本章では以下の順に従って給与計算の方法を解説します。

1. 総支給額の算出
2. 控除額の算出
3. 差引支給額の算出

• 基本給
• 割増賃金（時間外手当）
• その他手当（通勤手当、役職手当など）
• 社会保険料
• 所得税
• 住民税

STEP1：総支給額の算出

総支給額とは、基本給に時間外手当のほか、各種手当を加算した額のことで、以下の式により算出します。
総支給額＝基本給＋時間外手当＋各種手当（通勤手当、役職手当など）

以下では項目ごとに集計・計算方法を解説します。

1. 基本給の集計

基本給の集計を行うには、給与計算対象期間の勤務実績の集計が必要です。勤怠管理システム上のデータや、タイムカードなどに基づき勤務実績を集計します。

この際、次項で説明する割増賃金（時間外手当）の根拠となる勤務実績との区別が必要です。具体的には時間外労働（残業）時間、休日労働時間、深夜労働時間の勤務実績をこれ以外の通常の労働時間と区別して集計します。

時間外労働（残業）には、法定時間内残業と法定時間外残業の２種類があり、その定義は以下の通りです。このうち、法定時間外残業に対して割増賃金（25％以上）の支払いが必要です。

• 法定時間内残業：会社が就業規則などで定めた所定労働時間を超えるが、法定労働時間（1日8時間・1週40時間）以内での残業
• 法定時間外残業：法定労働時間を超えた残業（割増賃金の支払い対象）

休日労働時間は、労働基準法で定める休日（法定休日）の労働時間です。この休日労働時間に対しては割増賃金（35％以上）の支払いが必要です。

一方、会社が就業規則などで定めた休日（所定休日）の労働時間に対しては、法定労働時間を超えた労働時間に対して割増賃金（25％以上）の支払いが必要です。

例えば、完全週休二日制の会社で、ある週の平日以外に所定休日（土曜日など）に勤務させた場合、平日の5日間の所定労働時間の合計が40時間（1日8時間×5日など）に達していれば、所定休日の勤務は週の法定労働時間（40時間）を超えた勤務になるため、すべて割増賃金の対象になります。

深夜労働時間は22時から翌5時までの労働時間で、割増賃金（25％以上）の支払いが必要です。

2. 割増賃金（時間外手当）の計算

前項で実績を把握した割増賃金（時間外手当）の根拠となる労働時間をもとに、以下の計算式により算出します。割増賃金（時間外手当）＝1時間あたり賃金額×時間外・休日・深夜労働時間数×割増率

1時間あたりの賃金額は月給制の場合、以下の通り算出します。
月給制の場合の1時間あたりの賃金額＝月給÷1ヶ月の平均所定労働時間
1ヶ月の平均所定労働時間＝1年間の所定労働日数（年間の暦日数－会社の年間休日数）×1日の所定労働時間÷12

また、割増賃金の計算で用いる月給には、家族手当、通勤手当、別居手当、子女教育手当、住宅手当、臨時に支払われた賃金、1か月を超える期間ごとに支払われる賃金を含めずに計算します。（家族手当、住宅手当、通勤手当が従業員ごとの事情によらず一律支給の場合は含めます。）

割増率は下表の通りです。

なお、以下の場合には割増率を重複して適用します。
時間外労働＋深夜労働（時間外労働が深夜時間帯に及んだ場合）の労働時間：50％以上
休日労働＋深夜労働（休日労働が深夜時間帯に及んだ場合）の労働時間：60％以上

（参考）厚生労働省：時間外・休日労働と割増賃金
（関連記事）【深夜手当の計算方法】割増率や夜勤手当との違い、注意点をわかりやすく解説

3. 諸手当（通勤手当・出張手当など）の計算

基本給や時間外手当のほかに、従業員の勤務実態や生活事情等に基づき支給する「諸手当」があります。
諸手当は、会社が就業規則や賃金規程等に基づき独自に支給条件や計算方法を定めており、その規定に基づき支給します。

代表的な手当には、通勤手当、家族手当、住宅手当、役職手当、資格手当などがあります。計算方法は手当によって異なり、例えば通勤手当は実費相当額を支給し、家族手当や住宅手当は就業規則や賃金規程等で会社が定めた基準（扶養人数、居住状況など）に基づき支給することが一般的です。

給与計算の際に、特に注意が必要なのが諸手当の課税・非課税の区分です。原則として、諸手当は給与所得として所得税の課税対象となります。ただし、一定の条件を満たす通勤手当、転勤や出張時の旅費として支給される手当などは、法令の定めに基づき非課税として扱われます。例えば、公共交通機関を利用する場合の通勤手当は、月15万円まで所得税が非課税になります。

一方、その他の家族手当、住宅手当、役職手当などは原則として課税対象です。また、課税対象の手当は、基本的には社会保険料（健康保険料、介護保険料、厚生年金保険料）や雇用保険料の計算基礎にも含まれます。

（参考）国税庁：No.2508 給与所得となるもの
　　　　国税庁：通勤手当の非課税限度額の改正について
（関連記事）通勤費の計算方法って？課税ルールや支給時の注意点を解説

STEP2：控除額の算出

次に総支給額から控除する金額（控除額）を算出します。
総支給額から控除するのは主に税と社会保険料で、会社が給与から天引きし従業員に代わって納付します。

控除額は以下の計算式により算出します。
控除額＝所得税（源泉所得税）＋住民税＋社会保険料＋その他控除額（必要により）

1. 社会保険料の算出

給与計算では、従業員の給与から控除する社会保険料を算出する必要があります。
社会保険料には健康保険料、介護保険料、厚生年金保険料、雇用保険料の4種類があり、以下の通り算出します。

●健康保険料・介護保険料・厚生年金保険料
いずれも計算方法は同じで、以下の計算式により算出します。（会社と従業員で折半）

• 健康保険料（従業員負担分）＝標準報酬月額×健康保険料率÷2
• 厚生年金保険料（従業員負担分）＝標準報酬月額×厚生年金保険料率÷2
• 介護保険料（従業員負担分）＝標準報酬月額×介護保険料率÷2

なお、介護保険料は40～64歳の健康保険被保険者が介護保険第2号被保険者として給与天引きにより支払います。

これらの社会保険料の計算で用いる「標準報酬月額」とは、基本給や時間外手当、諸手当などを合計した「報酬月額」を一定の等級に区分したもので、毎年1回（7月）の定時決定や、給与の金額が大きく変動した場合の随時改定により決定します。また、賞与が支給される場合も「標準賞与額」に基づき同様に算出します。

保険料率は、健康保険料と介護保険料（協会けんぽの場合）については年度により異なるため、最新情報の確認が必要です。なお、厚生年金保険料については18.3％で固定されています。

（参考）協会けんぽ：令和8年度の保険料率に関わるお知らせ

●雇用保険料
健康保険料や厚生年金保険料等とは異なり、以下の計算式により算出します。（会社と従業員の負担割合は事業の種類により異なる）

雇用保険料＝賃金総額×雇用保険料率

賃金総額には、基本給、時間外手当、諸手当に加え、賞与なども含まれます。
保険料率は年度により異なるため、最新情報を確認しましょう。

（参考）厚生労働省：事業主・被保険者の皆さまへ令和8（2026）年度 雇用保険料率のご案内

2. 所得税の算出

給与を支払う際には、所得税をあらかじめ給与から差し引き、会社が従業員本人に代わって納付する「源泉徴収」を行います。源泉徴収した所得税は給与支払い月の翌月10日までに税務署に納付します。

源泉所得税の額は、単純に給与の額×税率で計算するわけではなく、「給与所得の源泉徴収税額表」により算出します。源泉徴収税額表は月給制の場合は「月額表」、日給週給制の場合は「日額表」を使用します。給与計算業務にあたっては、国税庁HPで公開している最新の源泉徴収税額表を確認しましょう。

まず、給与の総支給額から非課税となる手当等（通勤手当の非課税分など）を差し引いた課税支給額を算出し、次に社会保険料（健康保険料、厚生年金保険料、雇用保険料など）を差し引きます。この金額は源泉徴収税額表の「その月の社会保険料等控除後の給与等の金額」にあたります。

源泉徴収税額表の「扶養親族等の数」欄については、従業員から提出される「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」に基づき確認します。会社にこの申告書を提出している場合は「甲欄」、提出していない場合は「乙欄」により計算します。

源泉徴収税額表で、上記で確定した「社会保険料控除後の給与等の金額」の行と「扶養親族等の数」の列の交わる部分に記載されている金額が毎月の給与から源泉徴収する所得税の額になります。

なお、毎月の給与から控除する源泉所得税は概算額です。年間の給与総額が確定した後、年末調整により本来納めるべき所得税額と精算します。

（参考）国税庁：No.1180 扶養控除
　　　　国税庁：給与所得の源泉徴収税額表（令和8年分）
　　　　国税庁：給与所得の源泉徴収税額表（令和9年分）

3. 住民税の算出

住民税は、前年の所得に対して課税され、給与所得者の場合は原則として会社が給与から控除して市区町村へ納付する「特別徴収」を行います。

住民税額は会社ではなく市区町村が計算し、毎年5月頃に「税額決定通知書」により通知されます。会社は通知された住民税額を12で割った金額を6月から翌年5月までの給与から控除します。

STEP3：差引支給額の算出

総支給額から控除額を差し引いた金額が差引支給額です。
差引支給額を算出した上で給与明細を作成し、従業員が指定する銀行口座等に振り込みます。

給与計算の内容については、労働基準法により作成と保存が義務付けられている賃金台帳に記録し、5年間（当分の間は3年間）保存します。

給与計算をするうえで知っておきたい基礎知識

本章では給与計算を行う上で、人事労務担当者として知っておきたい労働社会保険法令に関する基礎知識を紹介します。いずれも法令で定められている重要な内容ですので、確実に身につけ、正しく取り扱えるようにしましょう。

「賃金支払いの五原則」を遵守する

給与計算の担当者は、給与の支払い方法や時期についても法令を遵守する必要があります。この給与の支払い方法や時期については「賃金支払いの五原則」として、労働基準法第24条で定められています。

「賃金支払いの五原則」とは、給与を①通貨で、②従業員に直接、③全額を、④毎月1回以上、⑤一定期日に支払わなければならないとする原則です。

「通貨払い」は、原則として通貨で支払うことをいい、現物支給は原則として認められていません。なお、従業員本人の同意に基づく銀行口座への振込などは例外として認められています。また、これに加えて2023年4月より厚生労働大臣が指定した業者の「デジタル払い（〇〇ペイなど）」による給与の支払いも同様に認められています。

「直接払い」とは、給与を従業員本人に支払うことを意味します。家族や代理人など本人以外への支払いは原則として認められません。

「全額払い」とは、給与を全額支払う必要があること意味します。本記事で説明した税や社会保険料などの法令に基づく控除は認められています。これ以外に会社が独自に給与から控除を行う場合（例：社宅使用料など）には過半数労働組合または過半数代表者との労使協定の締結が必要です。

「毎月1回以上払い」「一定期日払い」では、毎月の給与の支払日を明確に定めることが求められています。これは年俸制の場合であっても同様です。なお、賞与などはこの例外にあたります。

従業員の勤怠情報を正しく管理する

正確な給与計算のためには、前提となる勤怠情報と従業員に関する情報の適切な管理が大変重要です。給与の額は、勤務実績や労働条件を基に算出されるため、入力された情報に誤りがあると、給与の過不足発生や社会保険料・税額の計算に誤りが発生します。

また、労働基準法に基づき、会社は従業員の労働時間を適正に把握することが求められており、その具体的な方法が厚生労働省のガイドラインに定められていますので、これを遵守する必要があります。

勤怠管理では、出勤日数、労働時間、時間外労働時間、休日労働、遅刻・早退・欠勤の状況、休暇取得状況などを正確に把握しなければなりません。前述の通り、時間外労働、休日労働、深夜労働の割増賃金の計算では、日々の労働時間の記録が大変重要です。

従業員に関する情報については、給与や人事評価等に関する情報以外に入退社日、雇用形態、扶養状況、社会保険加入状況などの情報を適切に管理する必要があります。これらの情報は、給与計算だけでなく、社会保険料や所得税、住民税の計算にも影響します。

担当者が給与計算ソフトへの入力だけでなく、そのもととなる勤怠情報や従業員情報の正確性を担保することが、給与計算の正確性を高め、効率的な業務遂行につながります。

（参考）厚生労働省：労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン

社会保険の最新の加入要件を確認する

ここでは給与計算に関係する社会保険（健康保険、厚生年金保険、雇用保険）の加入要件を解説します。給与計算にあたっては、社会保険の加入対象者を正確に把握し、従業員および会社負担分の保険料を適切に計算する必要があります。

健康保険・厚生年金保険
法人、または従業員数5人以上の個人事業主（一部の業種を除く）に常時使用される従業員が加入対象です。正社員だけでなく、パートやアルバイトなど短時間労働者であっても、週の所定労働時間や月の所定労働日数が正社員の4分の3以上である場合は、原則として加入対象です。

週の所定労働時間や月の所定労働日数が正社員の4分の3未満の短時間労働者についても加入対象となる場合があります。具体的には、以下の要件をすべて満たす場合です。

• 従業員数51人以上の企業（2027年10月以降は「36人以上」）
• 週の所定労働時間が20時間以上
• 2か月を超える雇用見込みがあること
• 学生（夜間課程、定時制、通信制などを除く）ではないこと
  
  

雇用保険
以下の2つの要件を満たす従業員が加入対象です。

• 週の所定労働時間が20時間以上（2028年10月以降は「10時間以上」）
• 31日以上引き続き雇用されることが見込まれること

（参考）厚生労働省：社会保険加入の要件
　　　　厚生労働省：雇用保険の加入手続はきちんとなされていますか！

事業所所在地ごとの最低賃金を把握しておく

最低賃金法第4条により、会社は従業員に対して最低賃金として定められた額以上の賃金を支払うことが義務付けられています。最低賃金には地域別最低賃金、産業別最低賃金の2種類がありますが、その地域（都道府県）で働くすべての従業員に適用される地域別最低賃金に注意する必要があります。

なお、この規定に違反した場合、50万円以下の罰金が科される可能性があります。

2026年度の地域別最低賃金はすべての都道府県で答申されました。全国加重平均は1,177円（昨年度比＋56円）で上昇傾向が続いています。この改定額は10月以降に順次発効するため、自社の事業所の所在地ごとの最低賃金額を把握した上で、従業員の給与の額を再点検し、最低賃金を下回ることがないよう注意します。時給制の従業員だけでなく、月給制や日給制などを含む、すべての従業員について確実にチェックします。

（参考）厚生労働省：全ての都道府県で地域別最低賃金の改定額が答申されました

給与計算ミスが招くリスク

本章では給与計算ミスが招くリスクについて、労務管理上のリスク、税務上のリスク、情報漏洩リスクの3つに分けて解説します。

労務管理上のリスク

給与計算のミスに関連して、主に以下のようなコンプライアンス上のリスクが考えられます。労働基準監督署等による監督指導のほか、悪質と認められた場合には刑罰に処せられる可能性があり、注意が必要です。

賃金支払い方法の違法リスク
前述の労働基準法第24条で定める賃金支払いの五原則に違反する可能性があります。

給与計算との関係では、特に「全額払いの原則」への違反に注意が必要です。給与自体の金額や控除額を誤ることで、本来支払うべき給与を全額支払えないことや、労使協定を締結せずに会社独自の控除を差し引くことなどはこれにあたります。

この場合、労働基準法第120条に基づき、30万円以下の罰金が科される可能性があります。

割増賃金不払いによる違法リスク
労働基準法第37条に定める時間外労働等の割増賃金の支払いに違反する可能性があります。

勤務実績の集計を正しく行わずに給与計算を行った結果、時間外労働や休日労働、深夜労働の時間の集計を誤り、結果として割増賃金を支払わない、あるいは本来の金額より少なく支給した場合には割増賃金不払いとなり、違法にあたります。

この場合、労働基準法第119条に基づき、6ヶ月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金が科される可能性があります。

労働時間に関する違法リスク
労働基準法第32条（労働時間）や第36条（時間外及び休日の労働）に違反する可能性があります。

勤務実績の把握、集計、管理等を正しく行っていない場合には、前述の割増賃金の規定のほか、労働時間や時間外・休日労働等の労働時間の規定に違反する可能性があります。

この場合も労働基準法第119条に基づき、6ヶ月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金が科される可能性があります。

（参考）e-GOV法令検索：労働基準法

税務上のリスク

会社には源泉所得税を毎月の給与から控除し、納付する義務があります。

給与計算ミスによりその納付額を誤っていた場合、納期限（翌月10日）までであれば不足分を追加で納付できますが、納期限を過ぎた場合には不納付加算税や延滞税を課される可能性があります。

不納付加算税は、税務署等の指摘による納付の場合は本来の税額の10％、自主的に納付する場合は本来の税額の5％です。なお、不納付加算税の額が少ない（5,000円未満）の場合など免除されることもあります。

延滞税は納期を過ぎたことに対する延滞利息にあたるものです。詳細は以下の（参考）の通りです。

（参考）国税庁：延滞税の計算方法

情報漏洩とそれに伴う諸リスク

従業員の給与計算の過程で、何らかの理由で従業員の個人情報にあたる情報を漏洩した場合には、個人情報保護法に違反する可能性があります。

法人の従業員等が、その業務にあたり他の従業員の個人情報を漏洩した場合等には、以下の刑罰や行政処分等を受けるリスクがあります。

• 個人情報保護委員会による報告徴収や立入検査や、必要により指導、助言、勧告、命令等の処分
• 個人情報保護法違反による刑事罰（個人情報保護法第179条による1年以下の拘禁刑または50万円以下の罰金）

※両罰規定により、会社側も刑罰が科される可能性があります。

この他、個人情報漏洩による訴訟提起等で世間に広く知られることによる会社の信用失墜や、企業価値の低下を招くおそれもあります。

（参考）個人情報保護委員会：個人情報保護法
　　　　個人情報保護法：FAQ 個人情報取扱事業者等が個人情報保護法に違反した場合、どのような措置が採られるのですか。

給与計算のミスを減らすためにできること

これまで述べてきたように、給与計算ミスにより従業員に迷惑をかけるだけでなく、会社として様々なリスクを負う可能性があります。本章では給与計算ミスを減らすためにできることについて解説します。

給与計算システムの導入
給与計算を手計算やExcelなどで行っている場合、入力や計算ミスを発生しやすいといえます。そこで検討すべきは給与計算システムの導入です。

給与計算システムでは、従業員の給与計算だけでなく、社会保険料や税金の計算等も自動化できるほか、給与明細の作成や年末調整等にも対応できます。導入によりヒューマンエラーによるミスを減らせるほか、業務の効率化も図れます。

通勤費管理システムの導入
給与のうち通勤手当の計算にあたっては、通勤費管理システムの導入をあわせて検討すると一層のミス防止や効率化が図れます。

通勤費管理システムの導入により、会社の規定を踏まえた通勤経路の決定や支給額等の計算、情報管理を行うことで、効率的に通勤手当支給額を確定し、給与計算につなげることができます。

給与計算のやり方に関するよくある質問

給与計算でよくあるミスは何ですか？

勤務実績の集計誤り等による時間外手当（残業代）などの割増賃金や、源泉所得税、社会保険料の計算誤りなどがよく見られます。

労働基準法等の法令の理解を深めるほか、税や社会保険については毎年のように制度改正や保険料率の改定があるため、最新情報を確実にフォローし、システムに適切に反映することで正しく業務を進められる体制を作ることが重要です。

給与計算のミスが発覚した場合の対処法は？

従業員には速やかに謝罪し、原因や対応方法、再発防止策等を丁寧に説明します。そのうえで不足分については速やかに支払い、過払い分については速やかに返金を求めます。あわせて所得税や社会保険料の精算方法についても従業員と同意する必要があります。

また、過払いの場合に翌月の給与から会社が一方的に過払い分の金額を控除する形で精算することはできませんので、これを行う場合には同意書を取り交わすなど確実な対応が求められます。

さらに、所得税や社会保険料の再計算にあわせて、速やかに税務署や年金事務所等への修正手続きも確実に進めます。

給与計算を効率化するシステムの選び方は？

以下の4つのポイントに留意し、選定しましょう。

• 自社の他システム（勤怠管理や会計システム等）との連携のしやすさ
• 法改正対応のスムーズさ（対応スピード、システムでの自動対応等が可能か）
• 十分なサポート体制
• コスト（初期費用、月額費用、従業員数課金体系等）
  
  

通勤費（通勤手当）の申請、計算、管理は「らくらく通勤費」

給与計算では、通勤手当の金額を正しく設定することが重要です。しかし、通勤経路の確認や運賃改定への対応、異動・転居時の変更管理などを手作業で行うと、確認漏れや支給ミスの原因になります。

「らくらく通勤費」は、通勤費申請から支給額の算定、変更管理までを一元化し、通勤手当に関する業務負担を軽減するクラウドサービスです。適正な通勤費管理を実現し、給与計算業務の効率化とミス防止をサポートします。

給与計算業務の効率化や通勤手当管理の見直しをご検討中の企業様は、ぜひ「らくらく通勤費」をご活用ください。

まとめ

給与計算を正しく進めるには、労働基準法等の法令や税、社会保険の制度の正しい理解が欠かせません。また、給与計算でのミスは従業員からの信用だけでなく、法令違反などを通じて会社としての社会的信用を失うリスクがあるなど、様々な問題をはらんでいます。本記事で紹介した給与計算の方法を正しく理解し、システム化等による給与計算でのミスの防止策を講じて、正確かつ効率的に給与計算業務を進めましょう。